La presencia jesuítica en la cuenca del río de la Plata dejó su impronta más notoria en las Misiones establecidas en el Norte, en lo que hoy es territorio brasileño, argentino y paraguayo. Durante casi dos siglos (XVII y XVIII) los jesuitas catequizaron, orientaron y dirigieron un enorme grupo de indígenas, fundando sobre las márgenes del río Uruguay y del río Paraná, 32 poblados que aglutinaron a 160.000 aborígenes. Mediante este sistema de pueblos indígenas, pretendieron poner a salvo a la población autóctona de la explotación inhumana de los encomenderos hispano-criollos y de los esclavistas luso-brasileños. La población aborigen guaraní vio transformada drásticamente y para siempre, su forma de vida original.Para lograr la autosuficiencia del sistema misionero, los jesuitas, establecieron una completa red productiva a la que integraron estancias. En estas las ganadería era sólo uno de los segmentos productivos, acompañada de una agricultura intensiva, explotación minera y desarrollo industrial, con miras al auto abastecimiento y el intercambio.

Es en este contexto que surgen las dos estancias principales que los jesuitas fundaron en lo que es nuestro actual territorio: “Nuestra Señora de los Desamparados”, sobre la costa del río Santa Lucía, dependiente del Colegio y Residencia de Montevideo y la estancia “del Río de las Vacas” (hoy denominada “Calera de las Huérfanas”) , dependiente del Hospicio y Colegio bonaerense de “Nuestra Señora de Belén”, fundada en 1741.Las fuentes históricas califican a la estancia del Río de las Vacas como “la mayor avanzada civilizadora de su tiempo en nuestro medio rural”. “La estancia del Río de las Vacas” , o “Estancia de Belén” o “Estancia de la Calera de las Vacas” , de más de cuarenta y dos leguas cuadradas de superficie ( 140.000 há. Aprox) , tenía como límites el Ao. San Juan y el Ao. De las Vacas, el Río de la Plata y el Cerro de las Armas. Su casco principal se emplazó a orillas del Ao. Juan González ( a unos 16 Km. De la actual ciudad de Carmelo) y estaba integrado por una iglesia, bajo la advocación de la Virgen de Belén, habitaciones, patios, herrería, jabonería, telar, panadería, carpintería, tahona, hornos de ladrillos y tejas. Además contaba con “ranchos” para las familias de los negros esclavos y para los indios peones. Cercos de palo a pique, dos hornos de cal que abastecieron a Buenos Aires, Colonia y Montevideo. También existía un huerto con gran variedad de frutales y legumbres, donde se destacaban “1.500 cepas de vid”.

Con cierta diferencia de escala, la estructura de su casco era muy similar a la de los pueblos misioneros del Alto Paraná y Uruguay. La población de la estancia se estima en aproximadamente 250 personas, compuesta por indios conchabados, criollos y negros esclavos, estos últimos eran la mayoría.
Cabe preguntarse por qué los jesuitas, cuyo objetivo principal fue la evangelización y habían reaccionado fuertemente contra todo tipo de esclavización indígena, tenían tantos esclavos negros en sus estancias.
Según las fuentes históricas, esta fue una tradición con la cual los primeros grupos de jesuitas no se sintieron a gusto , y fue uno de los aspectos que se suscitaron en contra de la explotación de “fincas rústicas”. Sin embargo, la posesión de esclavos fue aceptada, con la advertencia de que se diera una atención especial a sus necesidades espirituales. Durante el período de ocupación jesuítico, la estancia sólo contó con dos padres: primero, el padre Alonso Fernández y segundo, el padre Agustín Rodríguez , quienes dirigieron todas las actividades allí desarrolladas (producción de cal, ladrillos , tejas, construcción de la iglesia y demás edificaciones, producción ganadera y agrícola, funcionamiento de los talleres, sin descuidar las actividades propiamente religiosas).Los jesuitas solicitaron primariamente estas tierras con el objetivo del producir cal, aunque la superficie otorgada por la corona excedía holgadamente ese cometido original. “La Estancia de Belén” se constituyó en el segundo emprendimiento mineros de nuestro territorio. Dos hornos- que aunque en ruinas aún hoy se conservan- funcionaban en las proximidades del casco. La cal era uno de los elementos principales para la construcción, lo que la convertía en un importante rubro comercial.

En el año 1767, el rey Carlos III de Borbón, expulsa a los jesuitas de todos sus dominios y la estancia pasa entonces a depender de la “Junta de Temporalidades” de Buenos Aires, quien encarga su dirección a Don Juan de San Martín. En 1770 contrae enlace con Doña Gregoria Matorras, española y hasta 1774 residieron en la estancia donde nacieron los tres hermanos mayores del Gral. José de San Martín. En 1777 el establecimiento es puesto a cargo de “las Religiosas de la Caridad” , para mantener el Colegio de Niñas Huérfanas de Buenos Aires. Este fue el motivo para que a la estancia se la comenzara a conocer como “Calera de las Huérfanas”.Aunque históricamente se acepta que en 1811, en “La Calera de las Huérfanas”, Artigas fue proclamado Primer Jefe de los Orientales, no existe un documento que compruebe este hecho. Desde 1815, primer período de gobierno patrio y en aplicación de plan artiguista de fomento rural, estas tierras son repartidas entre más de cuarenta beneficiarios, cuyos derechos se anulan tras la derrota del prócer, ordenándose por parte de Manuel Dorrego-gobernador bonaerense- un nuevo fraccionamiento y venta. El Gral. Julián Laguna, adquiere en 1829 el sector del antiguo casco.

A comienzos del siglo XIX el conjunto edilicio sufre enormes deterioros. Las habitaciones y demás recintos que correspondían a la estructura implantada por los jesuitas, dejan de cumplir sus funciones originales y el abandono es seguido por demoliciones y reutilización de algunos de los materiales constructivos. La iglesia sufre el desplome casi total de su techo y parte de sus elementos de culto son llevados para la iglesia de la nueva ciudad de Carmelo, fundada por Artigas en 1816.
En 1938, el Comité Patriótico Femenino de Carmelo, promueve el interés del Estado y los vestigios arquitectónicos-arqueológicos, con una reserva de treinta y cuatro hectáreas, pasan al patrimonio público en carácter de Monumento Histórico. A partir de 1940 H. Arredondo realiza obras de consolidación en la iglesia y lleva a cabo las primeras intervenciones arqueológicas en el casco de la estancia. En 1974, el Consejo Ejecutivo Honorario de las Obras de Preservación y Reconstrucción de la Antigua Colonia el Sacramento, promueve el interés de la UNESCO para integrar la “Calera de las Huérfanas” al circuito de turismo cultural de sitios misioneros de la región”
Recién en 1999, gestionado por el Consejo Ejecutivo Honorario de Colonia y con la financiación del Ministerio de Turismo y del Ministerio de Educación y Cultura, se emprende el “Proyecto de Puesta en Valor Cultural”, iniciándose la investigación arqueológica. La misma es parte integral de un proyecto mayor, que contempla el acondicionamiento arquitectónico de las ruinas (preservación y consolidación) y el acondicionamiento paisajístico de todo el predio declarado Monumento Histórico Nacional.
Hoy en día quien visite “La Calera de las Huérfanas” , se encontrará con amplios espacios excavados, donde se han expuesto los basamentos de los muros de los recintos de la época jesuítica así como relictos de pisos enladrillados. En cada una de las áreas excavadas se ha colocado cartelería explicativa con el fin de hacer comprensible “el sitio” para el público en general.
Los vestigios arquitectónicos descubiertos y expuestos nos han permitido constatar, que a nivel de los cimientos , aún se conservan la totalidad de las construcciones del casco de la estancia de la época jesuítica y también las anexadas por Juan de San Martín. Excavar no es sólo recuperar objetos, sino también rasgos, estructuras y las relaciones entre estos. Es mediante todos estos datos que la arqueología contribuye al conocimiento de las formas de vida de las sociedades del pasado, intentando reconstruir, con cada una de estas piezas, como si fuera un rompecabezas, esa parte de nuestra historia que no está escrita, pero sí documentada en cada resto que la arqueología expone y recupera.